O Instituto Ilhas do Brasil está estruturado em 4 eixos temáticos, para cumprir a missão a que se propõe: Adaptação a Mudanças Climáticas; Mobilização Comunitária; Ampliação de Atores Socioambientais; e Conservação.

A partir disso foram criados dois programas de atuação:

O Programa de Adaptação às Mudanças Climáticas, com o projeto "Adaptar Brasil" tem como foco dez ilhas e regiões costeiras brasileiras, consideradas prioritárias para ações relacionadas a mudanças climáticas, definidas durante a CIMBRA - Conferência Ilhas Marinhas Brasileiras, realizada em Florianópolis em 2007. Este projeto está direcionado para a necessidade de construir ferramentas que possibilitem a adaptação das comunidades humanas que vivem nestes ambientes e a conservação dos recursos naturais. Os principais financiadores desse projeto são atualmente a Bovespa Social&Ambiental e o Instituto HSBC Solidariedade.

O Programa de Mobilização Comunitária - Juventude e Pesca, onde está inserido o Projeto Estrelas-do-Mar, e que busca de forma participativa a criação de estratégias que fortaleçam e promovam o desenvolvimento sustentável da Comunidade. O Programa de Mobilização Comunitária busca parcerias e desenvolve atividades e projetos com as associações comunitárias, com os jovens e com as escolas da comunidade. Em dezembro de 2008, o projeto foi contemplado com o Prêmio Itaú de Excelência Social, que foi o financiador da organização durante o ano de 2009. No ano de 2010, o Projeto recebeu o apoio da Unesco através do Projeto Criança Esperança, em 2011 Eletrosul e TAM Linhas aéreas juntaram-se a este grande desafio.